Çok kısa bir süre sonra, Gülbeddin Hikmetyar yeni hükümette ikinci planda kalmayı kabul etmeyip hükümetten çekildi ve Rabbani'ye karşı savaş açtı. Rabbani'yi şeriat yasalarını gevşek uygulamakla itham edip savaşa girdi. Bir ay bile sürmeyen, 50 bin kişinin öldürüldüğü bu savaşın sonunda yapılan anlaşma ile iki yılın sonunda Devlet Başkanı Rabbani görevini Hikmetyar'a devredip Başbakan olacaktı.
Ülke yönetim kademesinde varılan anlaşma sonucu sağlanan sükunet ortamı kısa sürecekti. Yönetimin uzlaşması hiçbir zaman ezilen kesimle uzlaşma demek değildir, aksine yönetimdeki gerici burjuva güçler birleşerek, emekçi sınıfların iktidar mücadelesinin önüne geçmeyi hedefler. Sırf iktidarı emekçilere “kaptırmamak” için kendi aralarındaki çıkar çatışmalarını ötelerler. Ezilenler yine sefaletle, ölümle yüz yüzeydi ve üstüne üstlük kazanılmış olan toplumsal hakları da ellerinden alınıyordu. Kurulan şeriat devleti, halkın ekonomik ve sosyal yaşamının gelişimini engellemenin ötesinde geriletiyordu. Ezilen halklar baskı ve zor yöntemleriyle şeriat devletinin sınırları altında tutulmaya çalışılıyordu. Şeriat devleti, varlığını şiddet ortamı yaratarak devam ettirebiliyordu ancak.
Afganistan Şeriat Devleti'nin dış ülkelerle ilişkilerini yürütme biçimi de ülke içindeki yönetimden farklı değildi. Rabbani ve Hikmetyar “cihadı yayma” politikasında birleşiyordu. Tacik asıllı olan Devlet Başkanı Rabbani ve Savunma Bakanı Şah Mesud, Bağımsız Devletler Topluluğu'nun üye ülkesi Tacikistan'da iç karışıklıklar çıkarmak için ajanlarını gönderdi. Kısa bir süre sonra sınır illerinde çatışmalar başlamıştı. Ancak Rusya bu sorunu Afganistan-Tacikistan sınırına asker konuşlandırarak bertaraf etti. Afganistan sınırındaki BDT ülkeleri, ülkelerine sızma hareketlerinin önüne geçmek için Afganistan'ın kuzeyinde bulunan Raşid General Dostum'u müttefik olarak görüyorlardı.
Neden General Dostum? General Dostum bilindiği gibi Vatan Partisi iktidarının komutanlarındandı, ancak iktidarın son anlarında Necibullah Hükümetini yalnız bırakarak Ahmed Şah Mesud'un ordusuna katılmış ve 80 bin kişilik ordusunu Afganistan'ın kuzey bölgesine -Türkmen ve Özbeklerin yoğunluklu olduğu bölge- konuşlandırmıştı. Aynı zamanda General Dostum laikliğiyle tanınıyordu. Şeriat uygulamalarından kaçan aydınların kendi denetimindeki bölgeye sığınmaları ve bu bölgede şeriat yasalarını uygulamaması Rabbani-Hikmetyar hükümetiyle aralarında sorunlara neden oluyordu, sorun günden güne artmaktaydı. Şeriat yasalarından bunalan, açlık çeken halkın ilgi ve desteğiyle Dostum'un yükselen bir güç olması, özellikle Özbekistan, Türkmenistan ve Rusya tarafından desteklenmesine yol açmıştı. Bir diğer neden ise; General Dostum, gerici hükümetin “cihadı yayma” politikasının yanında yer almıyor oluşu, ülkenin kuzeyinde kurmayı planladığı federal devlet ile BDT'nin sınırında güvenilir bir güç olacağını göstermesidir. Kısaca Türkmenistan, Özbekistan ve Tacikistan'a yönelik saldırılara engel olacağını kanıtlamasıdır.
Yönetimdeki sükunet kısa sürdü, Afganistan'da dengeler değişiyordu. Hükümetin ortağı olmasına rağmen Hikmetyar, Rabbani'nin artırdığı yetkileri ve askeri gücünü görüyor ve önlem alınması gerektiğini düşünüyordu. 1994 yılında Devlet Başkanlığı görevini Rabbani'ye devretmesiyle aralarındaki çatışmalar üst boyuta tırmanmıştı. Hikmetyar tek başına Rabbani'yi deviremeyeceğini bildiğinden Raşid Dostum'la anlaşma yaptı. Kabil'i tam ortadan ayıran nehrin kuzeyinde Başbakan Hikmetyar ile General Dostum'un güçleri, güneyinde ise Devlet Başkanı Rabbani ve Şah Mesud'un birlikleri, karşılıklı savaşa tutuştular. Kabil'de yaşayan halk iki ateş altında kalmıştı. Savaştan, savaşın yarattığı yıkımdan bunalmış, yorgun düşmüş yüz binlerce insan göç yollarına düşmüştü yeniden. Ancak bu kez Pakistan, sınır kapılarını bu mültecilere açmadı. Gidecek yerleri olmayan bu insanlar dağlara sığındı, kendilerine oralarda yaşam alanları oluşturdular. Toplumsal yaşamdaki çözülme ve yıkım hızla arttı.
General Dostum ve Gülbeddin Hikmetyar'ın aralarındaki ittifak Rabbani'nin iktidarını devirmeye yetmedi. Rabbani, Hikmetyar'dan boşalan başbakanlık koltuğuna kendisine yakın olan Ahmed Şah Ahmetzey'i yerleştirdi ve böylece Afganistan Şeriat Devleti'nin yönetimine tümden egemen olmuş oldu. Ülkede önemli bir ekonomik güce sahip olan toprak sahipleri Rabbani Hükümeti'ni destekliyordu. Nüfusunun sadece % 15'inin Şii olmasına rağmen İran yanlısı hükümeti -Rabbani Hükümeti'ni- destekleyenlere bakıp şaşırmamak lazım. Toprak sahipleri hükümetin izni ve desteğiyle haşhaş ekiyordu topraklarına, imalathanelerde işlenip eroine dönüşen bu haşhaşlar İran çeteleri tarafından pazarlanmaktaydı Avrupa'ya (İran, Irak ve Türkiye üzerinden geçerek). İran'la olan bu yakın ticaret ilişkisi siyasal ilişkiyi de beraberinde getiriyordu. İktidar savaşları İran'ın Afganistan yönetiminde söz sahibi olmasıyla sonuçlanmıştı, ancak bu durum da geçiciydi ve kısa sürecekti.
Gülbeddin Hikmetyar'ın yıllarca ABD, Suudi Arabistan ve Pakistan tarafından finanse edilen Hikmetyar'ın başarısızlığı, iktidara gelememesi ABD'yi sadece uyuşturucu pazarından değil, aynı zamanda 90'ların başında Hazar Denizi'nin çevresinde tespit edilen zengin doğalgaz rezervlerinin pazarlanmasının kontrolünden de yoksun bırakmıştı. Artık ABD'nin güçsüz düşen Hikmetyar üzerine oynamaktan başka bir yol izlemesi gerektiği açığa çıkmıştı.
Yeni plan 1994 yılında Pakistan tarafından yürürlüğe kondu. Desteklenecek yeni gücün adı “Taliban”dı. Sovyetlere karşı yürütülen savaşta da kendilerini ABD'ye ispatlamışlardı. Şimdi onlara yeniden ihtiyaç vardı. Güney Afganistan'da, Pakistan sınırında, İngiltere ve Pakistan ajanları tarafından eğitilip, yetiştirilmiş bu “öğrenciler”in yaşları 17 ile 25 arasında idi. Mülteci kamplarında dini eğitimin yanı sıra askeri eğitim de almışlardı. Liderliğini Molla Ömer'in yapmış olduğu, 25-30 bin kişilik bu savaşçı grup, Pakistan ajanlarının bulundukları Kandahar'dan “şeriat yolundan ayrılmış” olanları dize getirmek için Kabil'e doğru ilerlemeye başladı. Yolları üzerindeki kentleri ele geçirip yönetimleri kendilerine bağlayıp ilerliyorlardı. 27 Eylül 1996'da Kabil'e ulaştıklarında, Molla Ömer tarafından, Molla Muhammed Rabbani'nin başkanlığını yaptığı 6 kişilik “geçici hükümet” açıklandı.
Afganistan'daki iktidar savaşı “büyük güçler” arasındaki iktidar savaşıydı asıl olarak. Rusya, İran ve ABD'nin savaş alanıydı Afganistan. Görünürde Dostum, Rabbani, Hikmetyar ve Molla Ömer'in iktidar savaşıymış gibi olsa da, perde arkasındaki devletler bu savaşı yönlendiriyordu. ABD salt Rusya ve İran'ın etkinliğini kırmak ve Orta Asya'da kendi varlığını devam ettirmek için Taliban’ı kullanmıştı. Ancak Taliban ülkeyi nasıl yönetecekti? Salt dini ve askeri eğitim almış olan bu savaşkan grup ülkenin ekonomik ve siyasi yöneticiliğini nasıl kullanacak, ülkenin ekonomik ilişkilerini nasıl geliştirecekti. Rabbani Hükümeti'ni devirip iktidarı almasına rağmen Taliban “muhalifi” olan kesim, yine ülkenin kuzeyinde varlıklarını devam ettiriyordu. Rabbani ve Dostum yeniden yakınlaşmışlar ve Taliban'ın kuzeyi ele geçirmesinin önüne geçmişlerdi. İran ve Rusya, ABD'nin Taliban aracılığıyla Afganistan'da varlığını sağlamış olmasını kendilerine yönelik bir tehlike olarak görüyorlardı. Orta Asya'daki ABD'nin paralı askerlerinin varlığı bu bölgeyi çatışma, savaş alanına dönüştürmüştür.